Οι θερμικές κάμερες συχνά δεν λειτουργούν καλά κάτω από το νερό, επειδή το νερό μπλοκάρει πολλά υπέρυθρα μήκη κύματος, όπως ακριβώς ένα αδιαφανές φράγμα μπλοκάρει τα ορατά μήκη κύματος.Όπως δεν μπορούμε να δούμε μέσα από τη μπογιά., ένας υπέρυθρος αισθητήρας δεν μπορεί να "δεί" μέσα από βαθύ νερό επειδή τα κύματα που ανιχνεύει δεν μπορούν να περάσουν μέσα από το νερό.
Το νερό παρουσιάζει ένα άλλο προκλητικό ζήτημα για τις θερμικές κάμερες απεικόνισης, το οποίο σχετίζεται με τη θερμική αγωγιμότητα και την ειδική θερμότητα.Έτσι χρειάζεται τέσσερις φορές περισσότερη ενέργεια για να αυξήσει ή να μειώσει την θερμοκρασία του ίδιου όγκου κατά 1 βαθμό..
Αυτό σημαίνει ότι ένα αντικείμενο χάνει (ή κερδίζει) την θερμική του ενέργεια γρηγορότερα και σε μικρότερη απόσταση από το νερό.